Situasi politik di Sulawesi Selatan cukup berbeza dengan di Jawa ketika ini. Walaupun kebanyakkan negeri-negeri Bugis dibawah pengaruh Belanda, tetapi negeri secara praktiknya merdeka. Urusan-urusan dalaman negeri-negeri ini tidak mendapat campur tangan Belanda.

Apabila British menduduki Makassar pada tahun 1810, kebanyakkan pemerintah Bugis enggan mengiktiraf penguasaan British dan ingin merdeka. Pergeseran antara British dan Bugis bertambah teruk apabila pemerintah Bone enggan menyerahkan pedang Sudanga, alat kebesaran Goa yang jatuh ketangannya pada tahun 1785. Maka residen British di Makassar menghantar kapten Phillips untuk suatu ekspidisi ketenteraan melawan Suppa' tapi berjaya dipatahkan oleh tentera Bone. Malahan Bone turut menguasai Utara Sulawesi Selatan sekitar Maros dan sebahagian Bulukumba. Walaupunbegitu, Goa, Soppeng dan Sidenreng berpihak kepada British dalam kebangkitan ini.

Apabila Belanda kembali semula ke Makassar pada 1817, Bone enggan menerima kedudukan Belanda dan memilih untuk merdeka. Pada masa yang sama Gavernor-Jeneral, van der Capellen, datang ke Makassar untuk meminta pemerintah Sulawesi Selatan menandatangani sebuah deklarasi penyekutuan mereka dengan Belanda. Bone, Ternate dan Suppa' enggan berbuat demikian. Ini mencetus peperangan dengan Belanda. Keganasan di Bone berakhir pada tahun 1838 apabila Belanda berjaya menggantikan raja Bone dengan individu yang sekapala dengan tujuan Belanda. Akan tetapi, perang tercetus kembali pada tahun 1857 apabila pengganti beliau , Besse Kajuara, enggan bersekutu dengan Belanda. Ini menyebabkan Bone diletakkan dibawah koloni Belanda daripada sekutu Belanda. Pada tahun berikutnya, Goa menerima nasib yang sama dan menyebabkan konfrontasi yang dipimpin oleh golongan bangsawan.

Kesan kebangkitan paling teruk dirasai di Wajo' dan ini menyebabkan ramai orang Wajo' bermigrasi keluar. Pada masa yang sama, pemerintah Wajo' berbalah sesama sendiri mengenai pewaris bagi Sidenreng dimana La Pang'uriseng berjaya memenangi tampuk pemerintahan Sidenreng. Di bawah pemerintahan beliau, Wajo' mengembangkan kuasanya didalam konfederasi Aja'tappareng dan menguasai kawasan-kawasan yang dibawah kuasa Belanda sekligus mencetuskan penentangan terhadap Belanda. Pare-Pare, sebuah pelabuhan di Wajo' ketika itu mula membangun setelah penyekatan kuasa Bone oleh Belanda dan pada masa yang sama, ia menjadi pusat perdagangan hamba apabila ia diharamkan di Makassar.

Pada tahun 1905, pemerintah Bone, La Pawawoi, buang negeri ke Bandung diatas alasan mencampur tangan urusan negeri-negeri Bugis lain. Pemerintah Goa pula didakwa melakukan keganasan terhadap Belanda (ketika itu Belanda sedang menceroboh Sulawesi Selatan.) Beliau kemudiannya dibunuh ketika cuba untuk melarikan diri dari Belanda.